기저세포암은 백인종에서는 가장 흔하게 발생하는 암입니다. 미국에서 1년마다 100만 명 이상의 새로운 환자가 발생할 것으로 추정하고 있습니다. 또한 미국에서의 연간 발생빈도가 인구 10만 명 당 146명인데 반하여 호주에서는 10만 명 당 726명으로 세계에서 가장 높은 발생빈도를 보이며 지리적으로도 상당한 차이를 보이고 있습니다.

우리나라에서는 1970년대에는 전체 피부 악성 종양에서 기저세포암이 차지하는 비율이 2% 미만이고 편평상피세포암보다 발생비율이 낮은 것으로 보고되었으나, 1980년대 이후 발표된 논문들에서 기저세포암이 가장 많이 발생하는 피부암으로 보고되었습니다. 전체 피부 악성종양 중 30~40% 이상인 것으로 나타났으며 점차 비율이 증가해 1980년대 이후 기저세포암이 편평상피세포암보다 1.25배 혹은 2배 정도 많은 것으로 보고되었습니다. 기저세포암의 발생 연령은 한국인에게서는 40세 이상이 대부분이었고 60대에서 가장 많았습니다. 미국, 호주 등에서는 남자에게 좀 더 많이 발생하나 국내에서는 남녀 간 발생빈도의 차이는 없습니다.

2002년도 한국중앙암등록본부의 통계에 의하면 전체 피부암 중에 기저세포암이 차지하는 빈도는 37.3%로 가장 많은 것으로 나타났습니다.