뇌하수체 선종의 예후는 양호하여 국외 통계에 의하면 최근에 발표된 5년 생존율은 거의 100 %에 달합니다.  따라서 치료는 완치를 목표로 하여야 하며, 완치가 불가능하더라도 비기능성 선종의 경우에는 시력이나 시야의 정상화를 목표로, 기능성 선종의 경우에는 내분비학적 기능의 정상화를 목표로 해야 합니다. 기능성 선종에서 호르몬 수치의 정상화를 포함한 완치율은 미세선종에서는 대체로 60 ~ 90 %라고 보고되어 있으나, 대선종이나 거대선종에서는 40 ~ 55 %로 보고 있습니다.   뇌하수체 기능 보존율과 시력 회복은 대체로 80 ~ 95 %이며, 말단비대증과 쿠싱병에서 치료 후에도 호르몬 수치가 정상화되지 못한 경우에는 고혈압, 당뇨, 심장질환 등의 전신증상을 동반하므로 예후가 불량합니다.